W roku 1806 wszedł z nominacji Napoleona w skład Komisji Rządzącej jako dyrektor sprawiedliwości i wyznań. Przygotował wprowadzenie do Polski Kodeksu Napoleona. Od 5 października 1807 do maja 1813 roku był Ministrem Sprawiedliwości, wykazując na tym stanowisku zarówno duże umiejętności organizacyjne, jak też dążność do rozszerzania kompetencji swego resortu. W roku 1808 założył ze swoich funduszy Szkołę Prawa w Warszawie, powstałą z przekształcenia istniejących od roku 1807 kursów dla urzędników sądowych. W 1811 przekształciła się w Szkołę Prawa i Administracji. Sprzeciwiał się uwłaszczeniu chłopów, był jednym z inicjatorów dekretu grudniowegoZbigniew Stankiewicz, Szlachta wobec zniesienia poddaństwa w Księstwie Warszawskim.
W 1812 roku jako członek Towarzystwa Królewskiego Gospodarczo-Rolniczego przystąpił do Konfederacji Generalnej Królestwa PolskiegoDziennik Konfederacyi Jeneralnej Królestwa Polskiego. 1812, nr 20, s. 185..
Nie był zbyt lubiany przez współczesnych: zarzucano mu serwilizm, samowolę w pełnieniu funkcji urzędowych i bigoterięPamiętniki Kajetana Koźmiana (wybór) . Pozostawił „Pamiętnik”, wydany pośmiertnie w 1876 rokuWładysław Chomętowski, Pamiętnik Feliksa hr.