Każdemu wydziałowi podlegały oddziały policji (keimu-han), administracja (naikin-han) oraz oddział do zadań specjalnych (tokumu-han).
Uprawnienia do aresztowań thumb|Mundur oficera Kempeitai, wystawiony w Muzeum Obrony Wybrzeża w Hongkongu Funkcjonariusz Kempeitai posiadał szerokie uprawnienia do zatrzymania każdego podejrzanego cywila, a nawet japońskiego wojskowego wyższego od niego rangą o 3 stopnie. Nietykalność osobista bez wyroku sądowego na wzór angielskiej ustawy Habeas Corpus nie obowiązywała. Osoby aresztowane z reguły były od razu uznawane za winne, a proces przesłuchiwania odbywał się w tajemnicy. W warunkach frontowych funkcjonariusze Kempeitai orzekali bez sądu o winie żołnierzy oraz oficerów i od razu wykonywali wyrok.
Tortury były najczęstszą metodą wymuszenia zeznań.
Główne metody torturowania Tortura „ryżu”: ofiarę pozostawiano przez kilka dni bez jedzenia, po czym zmuszano ją do zjedzenia surowego ryżu, a następnie wypicia dużej ilości wody. Nasączony wodą ryż pęczniał, powodując ogromny ból brzucha.
Tortura „wodna”: unieruchomionej, leżącej ofierze wlewano przez usta i nos wodę do płuc, dopóki torturowany nie stracił przytomności. Czasami skakano mu po brzuchu, aby wydalił wodę z powrotem. Zazwyczaj ofiarę cucono i powtarzano to tyle razy, ile uznano za potrzebne. (zob. też.