Działalność kontrwywiadowcza Japońska żandarmeria wojskowa pełniła również służbę kontrwywiadowczą. Śledziła działalność cudzoziemców, rzeczywistych, jak i potencjalnych szpiegów. Pod jej obserwacją byli zwłaszcza pracownicy placówek dyplomatycznych i dziennikarze. W tym celu współpracowała z innymi tego typu służbami, a w szczególności z Tokkō. Niekiedy jednak dochodziło do konfliktów pomiędzy Kempeitai a Tokkō, np. podczas rozpracowywania tzw. tokijskiej siatki Richarda Sorge, szpiegującej na rzecz ZSRR.
W warunkach polowych specjalne jednostki Kempeitai, w sile około tysiąca ludzi przydzielano do każdej armii jako formacje kontrwywiadu.
Działalność propagandowa
Kempeitai rozpowszechniała propagandę, skierowaną zarówno do społeczeństwa japońskiego, jak i do alianckich żołnierzy. Od obywateli oczekiwano czynnego udziału w wyłapywaniu zagranicznych szpiegów. Organizowano tzw. „dni wyłapywania szpiegów”, ażeby zachęcić cywilów do współpracy. W tym celu rozwieszano specjalne plakaty informacyjne. Propaganda skierowana zaś do aliantów nawoływała do zawieszenia broni. Szczególną zasługę w tym miała Iva Toguri, zwana „tokijską różą”. Była ona Amerykanką japońskiego pochodzenia czyli nisei, i tak jak wielu nisei współpracowała z Kempeitai.