Krytyka memetyki Zbyt swobodne analogie między memami i genami, w szczególności porównywanie memów do wirusów doprowadziło do braku dalszego rozwoju tej dyscypliny. Z czasem porzucili zajmowanie się nią wcześniejsi zwolennicy, m.in. biolog molekularny Derek Gatherer i redaktor Journal of Memetics Bruce Edmonds. Część przyrodników zajmujących się biologicznymi podstawami ewolucji kulturowej, swoje zainteresowania zaczęła realizować w paradygmacie badania systemów złożonych. Przy rezygnacji z nieuprawnionych analogii i połączeniu memetyki z cybernetyką oraz neurokognitywistyką mogłaby ona według Wojciecha Borkowskiego stanowić teorię kultury analogiczną do teorii ewolucji w biologii.
Jednym z częściej stawianych zarzutów jest kwestia braku wiedzy o tym, czym jest mem i jaka jest jego materialna postać. Zarzut ten jest odpierany w ten sposób, że również struktura genów i ich umiejscowienie nie było znane, gdy formułowano pierwsze koncepcje genetyki, a rozwój neurobiologii pozwala coraz więcej powiedzieć o tym, jak funkcjonuje mózg człowieka i innych ssaków. Innym zarzutem jest to, że łatwo jako mem ujmuje się skomplikowane struktury, takie słowa i znaczenia, których zdefiniowanie wymagałoby czasami dużej ilości stron.