Pomimo pewnego miejsca w składzie w rundzie jesiennej sezonu 2006/2007, na początku 2007 roku Łatka dostał od klubu wolną rękę w poszukiwaniu nowego pracodawcy. Pozyskaniem zawodnika zainteresowany był trener Wisły Kraków, Adam Nawałka. W lutym Łatka przebywał z krakowskim zespołem na zgrupowaniu w Turcji, gdzie dobrze prezentował się w meczach sparingowych. Pomiędzy Wisłą a piłkarzem nie doszło jednak do porozumienia odnośnie do warunków kontraktowych. Ostatecznie powrócił do Jagiellonii i po raz kolejny wywalczył sobie miejsce w pierwszej jedenastce. W sezonie 2006/2007 białostocki zespół uplasował się na drugim miejscu w tabeli drugiej ligi i wywalczył awans do Orange Ekstraklasy.
28 lipca 2007 roku, po ponad dziewięciu latach, Łatka ponownie zagrał w meczu Ekstraklasy. Wystąpił wówczas przez pełne 90. minut w spotkaniu z Polonią Bytom. Następnie regularnie pojawiał się na boisku. Najczęściej ustawiany był na prawej bądź lewej obronie. W sezonie 2007/2008 zanotował 22 ligowe występy, pięć w Pucharze Ekstraklasy oraz jedno w Pucharze Polski. Jeden raz wystąpił również w meczu Młodej Ekstraklasy. Jagiellonia uplasowała się na 14. miejscu w tabeli, mając zaledwie jeden punkt przewagi nad strefą spadkową. W rundzie jesiennej sezonu 2008/2009 tylko cztery razy zagrał w pierwszym składzie swojego zespołu.