Oryginalnie miasto nazywało się Patallaqta, od keczuańskich słów pata (‘stopień, schodek’) i llaqta (‘miasto’).

Historia Machu Picchu zostało zbudowane około 1450–1460. Budowa przypada na czas panowania dwóch inkaskich władców, Pachacuteca (1438–1471) oraz Túpaca Yupanqui (1472–1493). Archeologowie zgadzają się, że Pachacutec zamówił budowlę jako jego własną królewską posiadłość po udanej wyprawie wojennej. Miasto było używane przez około 80 lat i zostało opuszczone prawdopodobnie ze względu na zniszczenia w innych obszarach Państwa Inków. Istnieje też teoria, że mieszkańcy miasta zmarli na ospę przeniesioną na te tereny przez europejskich podróżników, co miało miejsce jeszcze przed pojawieniem się w pobliżu konkwistadorów.

Codzienne życie w królewskiej posiadłości Machu Picchu W czasie, gdy Machu Picchu funkcjonowało jako posiadłość królewska, mieszkało tam do 750 osób. Większość z nich pełniła funkcje służebne. (tzw. yanakuna). Wypełniali oni wiele różnych zadań dla Inków, inkaskiej królowej i kapłanów. Mogli oni mieć swoje nieruchomości, a czasem nawet własne farmy i gospodarstwa. Nie byli oni niewolnikami, nie przymuszano ich do pracy. Najczęściej zajmowali się rzemiosłem, opiekowali się stadami czy utrzymaniem domów szlachty.