Choć posiadłość należała do władcy, mieszkali tam też duchowni i mayocs, czyli tymczasowi pracownicy. Jednak w ciężkich czasach za panowania Pachacuteca, ludność Machu Picchu liczyła zaledwie 100 służących i kilku ekspertów, którzy zajmowali się przechowywaniem żywności.
Badania pochowków wykazały, że dużą część społeczności żyjącej w Machu Picchu stanowili imigranci z różnych okolic. W ich kościach nie znaleziono znaczników chemicznych ani osteologicznych, które posiadaliby, gdyby od urodzenia; mieszkali w Machu Picchu. Jednocześnie odkryto uszkodzenia kości spowodowane przez różne gatunki pasożytów rodzimych dla innych terenów Peru. Występowały również różne stresory osteologiczne i różna gęstość kości, które mogą świadczyć o różnych sposobach odżywania się poszczególnych osób. Podstawą ich pożywienia były: kukurydza, ziemniaki, ziarna zbóż, rośliny strączkowe oraz ryby. W okresie pobytu w Machu Picchu ludzie ci spożywali więcej kukurydzy, a mniej ryb.. Szkielety znalezione w Machu Picchu wyróżniają się stosunkowo niewielkimi uszkodzeniami kości powstałymi przez wykonywanie ciężkich prac fizycznych. Większość pochowanych tu ludzi miało zdrowsze kości, niż mieszkańcy innych rejonów państwa Inków.