Walczył po stronie partyzantów w pierwszej wojnie z Rosją (1994–1996), w 1995 r. wzywał Czeczeńców, by zabili „tylu Rosjan, ilu zdołają”Кадыров: убивать как можно больше русских.. Uczestniczył w rozmowach pokojowych w 1996 roku w składzie delegacji czeczeńskiej.
Pod koniec lat 90. XX w. wszedł w ostry konflikt z tzw. wahhabitami, których w 1998 roku zbrojnie wyparł z miasta Gudermes i północnej Czeczenii. Usiłował doprowadzić do wypędzenia wahhabitów z całego kraju. W lipcu 1998 i maju 1999 na zwołanych przez niego zjazdach czeczeńskich przywódców religijnych, politycznych i dowódców wojskowych przyjęto uchwały o usunięciu wahhabitów z życia politycznego i administracji, zaprzysięgając to na Koran, ich realizację jednak zablokował Asłan Maschadow. Gdy rozpoczynała się II wojna czeczeńska, ogłosił w sierpniu 1999 północ republiki strefą wolną od wahhabizmu, co ułatwiło, po rozpoczęciu wojny, praktycznie bezkrwawe przejęcie kontroli przez Rosjan nad północną częścią kraju – w tym nad Gudermesem, drugim co do wielkości miastem Czeczenii. Potępił Szamila Basajewa oraz jego wyprawę na Dagestan i wezwał Czeczenów do niestawiania oporu armii rosyjskiej. Odmówił ponownego ogłoszenia świętej wojny – dżihadu przeciwko Rosji (poprzednio akt ten ogłosił w 1995 roku).