10 października 1999 Maschadow odwołał Kadyrowa z funkcji muftiego, uznając go za zdrajcę, „wroga numer jeden”, którego należy zlikwidować.

11 czerwca 2000 Kadyrow został prorosyjskim szefem cywilnej administracji republiki, a od marca 2003 pełnił obowiązki prezydenta. W wyborach prezydenckich 5 października 2003 (zbojkotowanych przez rosyjskie organizacje praw człowieka i których uczciwość kwestionowali międzynarodowi obserwatorzy), nie mając liczących się konkurentów, zdobył według oficjalnych wyników 80% głosów. Utrzymywał bliskie kontakty z Kremlem – miał ponoć nieomal nieograniczony dostęp do prezydenta Władimira Putina. Doprowadził do uchwalenia serii amnestii, w wyniku których ujawniło się i złożyło broń 7 tysięcy byłych separatystów – większość z nich po weryfikacji wcielono do Ministerstwa Spraw Wewnętrznych Czeczenii, część zasiliła cywilną administrację republiki.