Sezon 2005/2006 był już wyraźnie słabszy w wykonaniu „czerwonych”, którzy zajęli 4. miejsce ze stratą aż 10 punktów do trzeciego Vardaru, a w Pucharze Macedonii wyeliminowała ich Shkendija Tetovo. Pobeda zdobyła mistrzostwo Macedonii po 3 latach przerwy w sezonie 2006/2007.
17 kwietnia 2009 UEFA wykluczyła Pobedę z europejskich pucharów na 8 lat za ustawienie dwumeczu Pobeda - Pjunik Erywań w 1. rundzie eliminacji Ligi Mistrzów 2004/2005. Wtedy Pobeda przegrała 1 mecz u siebie 1:3, a w rewanżu na wyjeździe był remis 1:1.Wykluczenie przez UEFA na 8 lat z europejskich rozgrywek8-letnia banicja dla Pobedy. Najbliższym sezonem, w którym Pobeda będzie mogła grać w europejskich rozgrywkach, będzie sezon 2017/2018. Wkrótce klub został rozwiązany.
Klub został odrodzony w 2010 roku jako FK Wiktorija Prilep. Zgodnie z prawem, wyniki obu klubów są rejestrowane oddzielnie przez Macedoński Związek Piłki Nożnej, chociaż już w sezonie 2010/11 klub przyjął nazwę FK Pobeda Junior Prilep oraz historię i sukcesy byłego klubu. W pierwszym sezonie zajął pierwsze miejsce w trzeciej lidze i awansował do drugiej ligi. W sezonie 2013/2014 brał udziałach w barażach o utrzymanie się w lidze, ale w drugiej rundzie przegrał z Mładost Carew Dwor i spadł do trzeciej ligi. W następnym sezonie zdobył mistrzostwo i wrócił do II ligi.