Dzięki temu triumfowi klub z Goce Delcev Stadion zagrał w Pucharze UEFA, przegrywając pechowo w rundzie wstępnej w duńskim FC Midtjylland – w pierwszym meczu było 2-0 dla Pobedy, a w rewanżu Duńczycy wygrali 3-0 po dogrywce. Sezon 2002/2003 przyniósł po raz kolejny 3. miejsce w tabeli Prwej Ligi, a z rozgrywkami krajowego pucharu Pobeda pożegnała się już w 1/8 finału, przegrywając po rzutach karnych z Belasicą Strumicą.
Jednak w sezonie 2003/2004 Pobeda odniosła największy sukces w swej historii – wykorzystując słabość potentatów – Vardaru i Slogi, sięgnęła po mistrzostwo Macedonii. Historyczny tytuł piłkarze z Prilepu zapewnili sobie w 32. kolejce, remisując bezbramkowo na wyjeździe z wiceliderem – Sileksem Kratowo. Pobeda zagrała po raz pierwszy w eliminacjach Ligi Mistrzów, gdzie przegrała już w I rundzie z armeńskim Pjunikiem Erywań (1-3 u siebie, gol Gesoskiego i 1-1 na wyjeździe, gol Dimitrovskiego). W sezonie 2004/2005 Pobeda obniżyła nieco loty, zajmując 3. miejsce, które dało jednak kwalifikację do Pucharu Intertoto. Tam „czerwoni” pokonali w I rundzie FK Smederevo (1-0 na wyjeździe i 2-1 na własnym boisku). W kolejnej fazie rozgrywek zbyt silną przeszkodą okazał się jednak Hamburger SV, z którym Pobeda przegrała dwa razy po 1-4, mimo iż za każdym razem obejmowała prowadzenie.