Wyposażona jest w zmodyfikowany, ręcznie wykonany 48-zaworowy silnik o pojemności 7,3 l, generujący moc 650 KM oraz moment obrotowy 760 Nm przy 4000 obr./min. Prędkość maksymalna to ok. 345 km/h. Rok po prezentacji Zondy F zaprezentowana została pierwsza w historii linii modelowej odmiana z otwieranym dachem typu roadster.
Zonda R W styczniu 2009 roku zadebiutowała wyczynowa i najbardziej zmodyfikowana od momentu premiery odmiana Zondy. Samochód zyskał kompleksowo przeprojektowaną stylistykę z inaczej osadzonymi reflektorami, a także przeprojektowanym układem napędowym. Model ten jest o 389 mm dłuższy od Zondy F, ma większy spoiler i profesjonalny dyfuzor. Silnik opracowało AMG, wywodząc się z Mercedesa CLK GTR. 6-litrowy, 48-zaworowy motor V12 generuje moc 750 KM, przy 8000 obr./min oraz 710 Nm. Silnik połączony jest z 6-stopniową sekwencyjną skrzynią biegów, która ma zadowolić najbardziej wymagających kierowców. Układ wydechowy jest oparty na technologii z bolidów Formuły 1. Jest to najszybsza wersja tego samochodu. Przyspieszenie 0-100 km/h wynosi 2,7 s. Cena samochodu wyniosła 1,4 mln euro, w momencie debiutu była to najszybsza wersja modelu Zonda.