Zonda S Kolejna odmiana Zondy zadebiutowała w 2000 roku, zyskując głównie drobne zmiany techniczne. Silnik 6.0 Mercedesa został zastąpiony przez zmodyfikowany w firmie AMG. Do napędu użyto jednostki generującej moc maksymalną 557,6 KM przy 5500 obr./min. Maksymalny moment obrotowy wynosi 750 Nm 4100 obr./min. Prędkość maksymalna jest nieznana, zaś przyspieszenie 0–100 km/h 3,7 s. Moc przenoszona była na tylną oś poprzez 6-biegową manualną skrzynię biegów.
thumb|Pagani Zonda - kokpit thumb|Pagani Zonda F Roadster thumb|Pagani Zonda Cinque thumb|Pagani Zonda R
Zonda C12 7.3 Następne modyfikacje Zondy przeprowadzono w 2002 roku. Przy okazji prezentacji Zondy 7,3 dodano wówczas symbol na tylnej kratce i wprowadzono kosmetyczne zmiany w układzie napędowym oraz zoptymalizowanym wyciszeniu układu napędowego. Moc wzrosła do 555 KM, natomiast moment obrotowy do 750 Nm przy 3800 obr./min. Nadwozie o przeprojektowanej aerodynamice zyskało dodatkowe 5 centymetrów długości.
Zonda F Podczas Geneva Motor Show w marcu 2005 roku przedstawiona została kolejna, udoskonalona odmiana Zondy z F w nazwie oddającym hołd mentorowi Horacio Paganiego, Juanowi Manuelowi Fangio.