Podważanie bezpieczeństwa szczepień Na portalu ISO publikowano felietony i przedruki budzące kontrowersje w środowisku medycznym, m.in. teksty krytyczne wobec obowiązkowych szczepień oraz fragmenty książek i materiałów autorów znanych z narracji antyszczepionkowych. W 2025 Instytut promował również fragmenty książki Żółwie aż do końca. Czy warto szczepić dzieci? udostępnione przez Fundację Ordo Medicus, zawierające tezy o rzekomych „oszustwach” wokół badań nad bezpieczeństwem szczepionek. W innym artykule pojawiały się twierdzenia o rzekomym wywoływaniu autyzmu przez szczepionki. Tezy te leżą w sprzeczności z badaniami i opiniami środowisk naukowych.
Krytyka GMO W 2012 tygodnik „Polityka” zarzucił ISO prowadzenie finansowanej ze środków publicznych kampanii sprzeciwiającej się GMO „Naturalne geny” w sposób jednostronny, o charakterze propagandowym, opartym na materiałach i „ekspertach” krytykowanych przez środowiska naukowe; opisano również wydatki kampanii i zabiegi lobbingowe towarzyszące dystrybucji książek i filmów anty-GMO.