Jan Łaski zmarł w 1560 roku, kiedy Samuel miał około siedmiu lat, toteż wpływ ojca na jego wychowanie musiał zostać przerwany bardzo wcześnieStanisław Grzybowski, Franciszek Mincer, „Łaski Samuel Gotard”, w: „Polski Słownik Biograficzny”, t. XVIII, red. Emanuel Rostworowski, Wrocław–Warszawa–Kraków 1973, s. 250–251.. Nie zachowały się dostatecznie pewne wiadomości pozwalające odtworzyć miejsce jego nauki, ani przebieg lat młodzieńczychStanisław Grzybowski, Franciszek Mincer, „Łaski Samuel Gotard”, w: „Polski Słownik Biograficzny”, t. XVIII, red. Emanuel Rostworowski, Wrocław–Warszawa–Kraków 1973, s. 250–253.. Opiekę nad wychowaniem Samuela przejął jeden z przedstawicieli rodu Szafrańców herbu Starykoń, należący do protektorów polskiej reformacji.
Środowisko rodzinne Łaskich było związane z reformacją, lecz w źródłach szwedzkich z 1598 roku Samuel występuje już jako katolik; nie wiadomo, kiedy dokładnie i w jakich okolicznościach doszło do zmiany jego wyznaniaAxel Jonsson, „Hertig Karl och Sigismund 1597–1598”, Göteborg 1906, s. 165–166..