Kuzniecow nie uwierzył jednak Żubrydowi i dał wybór: dalsza współpraca i zamieszkiwanie po niemieckiej stronie Sanu, albo zesłanie na Syberię. Żubryd odmówił dalszej współpracy i wraz z żoną został aresztowany (inni członkowie grupy zgodzili się na dalszą współpracę).
Małżeństwo Żubrydów odzyskało wolność po ataku Niemiec na ZSRR z 22 czerwca 1941, po czym oboje powrócili do Sanoka. Niemcy, dowiadując się z przejętych dokumentów (zajęli kancelarię prowadzoną wcześniej przez Sowietów) o agenturalnej działalności ŻubrydaInne źródła wskazały na to, że Niemcy uzyskali informacje o agenturalnej działalności Żubryda dla sowietów od Jadwigi Praczyńskiej podczas jej przesłuchania – , która miała nawet sama zgłosić się go sanockiego gestapo w maju 1941 i wyjawić informacje o swojej współpracy i innych osób., aresztowali go 5 listopada 1941. Od tego dnia do 27 grudnia 1941 był osadzony w więzienia w Sanoku. Śledztwo trwało dwa lata, a Żubryd był przetrzymywany w Sanoku, od 27 grudnia 1941 w Tarnowie, a od 4 lipca 1942 w więzieniu św. Michała w Krakowie. 6 września 1943 Sąd Specjalny (Sondergericht) w Krakowie skazał Żubryda na karę śmierci za zdradę tajemnic państwowych (identyczną karę otrzymał Kazimierz Staruch, natomiast Janina Żubryd otrzymała karę dożywocia, a inne osoby mniejsze kary pozbawienia wolności).