Mimo tych zmian futbol pozostawał sportem brutalnym. Niebezpieczne masowe formacje, takie jak „formacja klina”, prowadziły do poważnych kontuzji, a nawet zgonów. W 1905 roku w Stanach Zjednoczonych odnotowano 19 zgonów związanych z grą, co skłoniło prezydenta Theodore’a Roosevelta do zagrożenia zakazem uprawiania tego sportu w przypadku braku zmian. 28 grudnia 1905 roku przedstawiciele 62 uczelni spotkali się w Nowym Jorku, aby omówić reformę zasad gry. W wyniku tych działań utworzono Intercollegiate Athletic Association of the United States, które później przekształcono w National Collegiate Athletic Association.
W 1906 roku zalegalizowano podanie do przodu, choć ze względu na liczne ograniczenia jego wpływ na grę był początkowo niewielki. W tym samym roku skrócono czas meczu z 70 do 60 minut oraz zwiększono dystans wymagany do zdobycia pierwszej próby z 5 do 10 jardów (około 4,6 do 9,1 metra). Odrzucono również propozycję wydłużenia boiska o 40 jardów, między innymi ze względu na wymiary nowo wybudowanego Harvard Stadium. Wprowadzono także strefę neutralną między drużynami, mającą ograniczyć bezpośrednie starcia zawodników przed rozpoczęciem akcji.