Po likwidacji cerkwi greckokatolickiej na Słowacji w 1950 ks. Ján Hirka prowadził posługę kapłańską w konspiracji. Pracował jako robotnik w miejscach, gdzie nie były wymagane pozwolenia na pracę. 22 października 1952 został aresztowany przez policję polityczną. Po sześciu miesiącach aresztu 28 kwietnia 1953 został skazany na trzy lata pozbawienia wolności za działalność w Cerkwi. 4 lipca 1953 na mocy amnestii został zwolniony z więzienia, lecz zakazano mu wrócić w rodzinne strony. Zamieszkał w Breznie, lecz 19 września 1955 znów został aresztowany. Po roku aresztu w Koszycach i w Pradze 4 września 1956 został skazany na dwa i pół roku więzienia za „spisek przeciwko państwu”. „Karę” odbył pracując przymusowo w kopalni węgla w Rtyně w czeskich Karkonoszach. Został zwolniony 20 marca 1958. W czasie kolejnego pięcioletniego zakazu powrotu w rodzinne strony ks. Ján Hirka pracował w szpitalu w Podbrezovej jako robotnik, palacz i elektryk. Nie pozwolono mu zostać sanitariuszem. Po wygaśnięciu zakazu zaczął pracować jako palacz w szpitalu w Preszowie.