Po legalizacji cerkwi greckokatolickiej w 1968 ks. Ján Hirka objął parochię w Preszowie. Potem został dziekanem, a 20 grudnia 1968 Stolica Apostolska mianowała go administratorem apostolskim eparchii preszowskiej. Władze państwowe zgodziły się na wykonywanie przez niego tej funkcji dopiero 2 kwietnia 1969, nie zgodziły się jednak na mianowanie go biskupem. W czynnościach administratora pomagał mu preszowski biskup pomocniczy Bazyli Hopko. Obaj byli bezustannie szykanowani przez komunistyczne władze. W uznaniu zasług papież Paweł VI 21 marca 1978 mianował ks. Ján Hirkę prałatem papieskim.
Dopiero po upadku władzy komunistycznej w Czechosłowacji 21 grudnia 1989 Stolica Apostolska mianowała ks. Ján Hirkę biskupem ordynariuszem preszowskim. Święcenia biskupie ks. Hirka uroczyście przyjął 17 lutego 1990 w Preszowie od kardynała Jozefa Tomka jako pierwszy od wielu lat biskup greckokatolicki wyświęcony w Czechosłowacji. Po uwolnieniu cerkwi od represji bp Hirka starał się o odbudowę zrujnowanych cerkwi, a przede wszystkim o pozyskanie nowych księży, których bardzo brakowało. W tym celu wznowił działalność seminarium duchownego i wydziału teologicznego. Wznowił również działalność dobroczynną i kulturalną słowackiej cerkwi greckokatolickiej.