W 1888 przeniósł się do Krakowa, gdzie doktoryzował się wkrótce na Uniwersytecie Jagiellońskim na podstawie pracy pt. „Mesjaniści i Słowianofile” napisanej pod kierunkiem prof. Stanisława Tarnowskiego. Porównywał w niej polską filozofię mesjanizmu i rosyjską myśl słowianofilską. W latach 1899–1919 profesor Uniwersytetu Jagiellońskiego. W Krakowie dał się poznać jako utalentowany, natchniony i popularny wykładowca. W czasie jego wykładów największa sala UJ zapełniała się w całości studentami i gośćmi z miasta.

W 1901 współzałożyciel „Klubu Słowiańskiego” w Krakowie oraz czasopisma „Świat Słowiański”. Od 1902 członek Akademii Umiejętności. W 1914 nie otrzymał przedłużenia wizy w Austro-Węgrzech, co uniemożliwiło mu dalszą pracę w Krakowie. W rezultacie w latach pierwszej wojny światowej przebywał głównie w Rosji: w rodzinnym majątku w pod Mińskiem, w Moskwie i Petersburgu. W 1917 został zaproszony do objęcia katedry na Uniwersytecie Londyńskim ufundowanej przez Aleksandra Lednickiego. Zaproszenia nie przyjął. W 1919 oburzony zajęciem przez wojska czechosłowackie Śląska Cieszyńskiego odmówił przyjęcia zaproponowanego mu stanowiska ambasadora RP w Pradze.