Kiedy w lipcu 1920 prezydent Czechosłowacji Masaryk zdecydowanie odmówił ewentualnego przepuszczenia wojsk węgierskich śpieszących na pomoc zagrożonej przez bolszewików Warszawie i zablokował transport amunicji wyprodukowanej w węgierskiej fabryce Csepel przez terytoria Czechosłowacji i oficjalnie odradził państwom Ententy udzielanie walczącej Polsce jakiegokolwiek wsparcia – Zdziechowski zerwał z nim, wcześniej bliskie, stosunki towarzyskie.

W latach 1919–1932 profesor Uniwersytetu Wileńskiego, gdzie objął katedrę literatur europejskich. W latach 1925–1927 rektor tegoż uniwersytetu, piastował też funkcję dziekana wydziału humanistycznego. W Wilnie był również profesorem w Szkole Nauk Politycznych przy Towarzystwie dla Badań Europy Wschodniej oraz prezesem Związku Zawodowego Literatów Polskich (ZZLP). W ostatnich latach życia był również prezesem Towarzystwa Przyjaciół Nauk w Wilnie. Należał jednocześnie do założycieli wileńskiego dziennika „Słowo”. W maju 1926 był jednym z kandydatów Marszałka Piłsudskiego, obok Artura Śliwińskiego i Zdzisława Lubomirskiego, na urząd Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej. Kandydatura wybranego wtedy ostatecznie Mościckiego pojawiła się dopiero po odrzuceniu trzech wcześniejszych kandydatur.