W 1926 Piłsudski specjalnie przyjechał do Wilna, by Zdziechowskiemu zaproponować objęcie urzędu prezydenta, ten jednakże uzależnił to od spełnienia przez Piłsudskiego jego etyczno-politycznych postulatów, w tym zwolnienia z więzień niektórych więźniów politycznych.
Mimo że sam był sympatykiem Piłsudskiego, po przewrocie majowym, stanął w obronie generałów uwięzionych i przetrzymywanych bez przedstawienia zarzutów w III Wojskowym Więzieniu Śledczym na Antokolu w Wilnie, m.in. Tadeusza Rozwadowskiego i Włodzimierza Zagórskiego. Apelował o ich uwolnienie w napisanej przez siebie broszurze Sprawa sumienia polskiego (broszurę tę ukończył w kwietniu 1927, jednak wydana została dopiero po zwolnieniu osadzonych i tajemniczym zniknięciu gen. Zagórskiego w sierpniu 1927).
W Wilnie mieszkał przy ulicy Antokolskiej 42 (obecnie Antakalnio gatvė 36). W podwileńskiej Suderwie nabył na letnisko dworek. Zmarł po ciężkiej chorobie w Wilnie 5 października 1938. Został pochowany na wojskowym cmentarzu Antokolskim u boku swej żony. Jego syn Ksawery najprawdopodobniej zmarł w transporcie do łagru lub w samym łagrze w rejonie północnego Uralu w grudniu 1941. Drugi syn popełnił samobójstwo w okresie I wojny światowej.