Nomenklatura Limfocyty T regulatorowe to niejednorodna populacja, na którą składają się komórki o różnorodnym immunofenotypie. W najszerszym znaczeniu lifmocyty Treg to limfocyty T wykazujące zdolność do hamowania reakcji odpornościowej. Można tutaj wyróżnić następujące subpopulacje:
limfocyty T CD4+CD25+Foxp3+ – najszerzej badana populacja komórek regulatorowych, ich cechą charakterystyczną jest ekspresja czynnika transkrypcyjnego Foxp3 przy jednoczesnej wysokiej ekspresji cząsteczki powierzchniowej CD25; limfocyty T CD8+CD25+Foxp3+ – subpopulacja analogiczna do poprzednio wymienionej, jednak występująca wśród limfocytów T CD8+. Komórki te są słabiej zbadane od komórek CD4+Foxp3+; limfocyty T regulatorowe typu 1 (Tr1) – komórki o fenotypie CD4+Foxp3−, które wydzielają znaczne ilości IL-10; limfocyty Th3 – komórki CD4+Foxp3− wydzielające znaczne ilości TGF-β; limfocyty CD8+CD28− – utożsamiane z wcześniejszymi limfocytami Ts, również nie posiadają ekspresji czynnika Foxp3.