W 1922 Roy Chapman Andrews odkrył na pustyni Gobi pierwsze znane jaja dinozaura. Każde jajo miało średnio 20,32 cm. Ze względu na to, że jaja znaleziono w pobliżu szkieletów dorosłych protoceratopsów, uznano je za należące do tego rodzaju. Obok znaleziono też zgniecioną czaszkę, należącą do niewielkiego nieznanego wcześniej nauce teropoda. Uznano, że to szczątki rabusia jaj, który został zabity przez matkę pilnującą gniazda. Został on nazwany owiraptorem (Oviraptor philoceratops, czyli złodziej jaj lubiący ceratopsy). Badania embrionów w jajach przeprowadzone w 1993 dowiodły, że jaja te nie należały do protoceratopsa, tylko do owiraptora.
W 1971 na pustyni Gobi znaleziono splecione szczątki welociraptora i protoceratopsa, które padły w trakcie walki. Oba zwierzęta odniosły ciężkie rany i zginęły w czasie burzy piaskowej lub zostały pokryte osypującą się wydmą. W popularnonaukowym programie pt. Dinozaury zabójcy (The Truth About Killer Dinosaurs) produkcji BBC zasymulowano starcie welociraptora z protoceratopsem. Ustalono, że szpon drapieżnika nie był w stanie wypruć wnętrzności protoceratopsa, a tylko przekłuć skórę.