W 1975 roku polskie paleontolożki Teresa Maryańska i Halszka Osmólska opisały nowy gatunek protoceratopsa – P. kozlowskii. Jednak został on opisany na podstawie niekompletnych szczątków, należących do młodego osobnika i obecnie jest uważany za synonim Bagaceratops rozhdestvenskyi. W 2001 w formacji Bayan Mandahu znaleziono szczątki nowego gatunku protoceratopsa, P. hellenikorhinus.
Klasyfikacja Od nazwy Protoceratops pochodzi także nazwa rodziny, do której on należy – Protoceratopsidae. Należą do niej ceratopsy bardziej zaawansowane od psitakozaurów, ale mniej zaawansowane od przedstawicieli rodziny Ceratopsidae. Członkowie tej rodziny ogólnie wyglądem przypominają Ceratopsidae, ale nie mają dobrze widocznych rogów, a ich kończyny mają inne proporcje. Według definicji filogenetycznej przedstawionej w 1998 roku przez Paula Sereno do Protoceratopsidae należą zwierzęta bliżej spokrewnione z protoceratopsem niż z triceratopsem. Tradycyjnie oprócz protoceratopsa zalicza się do niej rodzaje Bagaceratops, Breviceratops, Graciliceratops, Lamaceratops, Magnirostris, Platyceratops i Serendipaceratops, jednak nie wszyscy uczeni są zgodni co do przynależności tych rodzajów do Protoceratopsidae.