Według Michała Rawity Witanowskiego kościół został konsekrowany w 1409 roku pod wezwaniem Podwyższenia Krzyża Świętego oraz św. Katarzyny i św. Doroty. 12 stycznia 1451 roku w świątyni miała miejsce konsekracja ks. Jana Gruszczyńskiego na biskupa kujawsko-pomorskiego.
23 listopada 1470 roku król Kazimierz IV Jagiellończyk wydał przywilej zezwalający na powołanie przy kościele farnym kolegium mansjonarzy, którego fundatorem był Jan Hińcza z Rogowa. W 1478 roku władze miasta ufundowały przy farze altarię. W 1494 roku kolscy mansjonarze otrzymali od Fryderyka Jagiellończyka przywilej posiadania własnego domu. Mansjonarze prowadzili przy kolskiej świątyni szkołę, a opiekowali się także Bractwem Literackim. W 1521 roku kolska parafia obejmowała 8 wsi, a proboszcz posiadał także place w Zdunach i ogrody w Bliznej.
Na początku XVI wieku do korpusu nawowego dobudowano od południa kaplicę Matki Bożej Nieustającej Pomocy, z fundacji Jarosława Jana Sokołowskiego z Wrzący Wielkiej, pod kaplicą znajdowały się grobowce rodzinne. W 1540 roku do kolskiej parafii także kościółek św. Wawrzyńca na cmentarzu w Kole, a w 1522 roku do parafii włączono także parafię w Kościelcu. Do parafii należał także ufundowany w 1419 roku kościół Świętego Ducha.