W 1608 roku w kościele istniało siedem, a pod koniec XVII wieku dwanaście ołtarzy. W XVII wieku proboszcz kolski utrzymywał się głównie z tzw. dziesięciny wytyczne oraz z folwarku bylickiego.
W 1775 roku fara uległa uszkodzeniu podczas pożaru miasta. Około 1791 roku w kościele istniało 8 ołtarzy, „schowek na archiwum” oraz skarbiec. Kościół posiadał także drewnianą ambonę w nawie głównej. Według wizytacji w 1798 roku kolscy mansjonarze posiadali trzy budynki położone pomiędzy farą a klasztorem bernardynów, które w 1811 roku przejął proboszcz kolski. 11 grudnia 1818 roku na mocy bulli Ex imposita Nobis papieża Piusa VII utworzono diecezję kujawsko-kaliską, do której włączony został kościół wraz z parafią.
Na początku XIX wieku podjęto starania o przeprowadzenie gruntownego remontu świątyni. W 1819 roku ówczesny proboszcz ks. Szremowicz sprzedał na ten cel srebra ze zbiorów parafialnych. Do prac remontowych przystąpiono w 1826 roku. Podczas remontu wnętrze kościoła rozdzielono dwoma szeregami filarów. Koszt planowanego remontu wynosił 4929 złotych. W 1846 roku do kościoła przeniesiono wyposażenie z rozebranego kościoła św. Ducha, a w 1849 roku wybudowano dzwonnicę.