W czerwcu 1905 roku kościół otoczono nowym parkanem.
21 października 1917 roku w północną ścianę kościoła farnego wmurowano i poświęcono pamiątkową tablicę upamiętniającą setną rocznicę śmierci Tadeusza Kościuszki. W 1933 roku wybudowano w sąsiedztwie świątyni budynek domu parafialnego – jako wotum Roku Świętego. Przed 1939 rokiem, z inicjatywy proboszcza ks. Józefa Mężnickiego wyłączono z ruchu ulicę oddzielającą kościół od plebanii. W czasie II wojny światowej niemiecki okupant zorganizował w kościele magazyn odzieży zabranej Żydom, wywożonym głównie do pobliskiego obozu zagłady Kulmhof w Chełmnie nad Nerem. Dzięki ofiarności organisty Henryka Berczyńskiego udało się zachować księgi parafialne, a naczynia liturgiczne zostały ukryte na strychu kościoła przez kościelnego Nadolskiego.
Podczas okupacji niemieckiej kościół został ograbiony, poważnie uszkodzono również dach. W 1945 roku na stacji kolejowej w Ponętowie odnaleziono wywiezione z kościoła rzeźby, które następnie powróciły do świątyni. Gotycką monstrancję odnaleziono w kupie gruzu obok kościoła, w krótkim czasie odbudowano dzwonnicę i umieszczono w niej pozostawione w kościele dzwony.