Początek XXI w. to nieprzerwany rozwój, w dużej mierze dzięki pozyskiwanym funduszom europejskim. Na terenie muzeum stanął kościół pw. Matki Bożej Śnieżnej, odbudowano kolejne chałupy i budynki gospodarcze translokowane do skansenu z terenu polskiej Orawy oraz plebanię z Podwilka. Powstał m.in. plac zabaw oraz różne obiekty małej architektury. Muzeum zaczęło organizować swoją największą i najbardziej znaną cykliczną imprezę folklorystyczną – Święto Borówki oraz rozmaite wydarzenia kulturalne i wystawy. Kuratorem wielu z nich była dr Urszula Janicka-Krzywda. Do oferty muzeum wprowadzone zostały zajęcia edukacyjne.
Od 2006 zarządcą muzeum stał się Urząd Marszałkowski Województwa Małopolskiego, a skansen jako Muzeum - Orawski Park Etnograficzny w Zubrzycy Górnej został wpisany do Państwowego Rejestru Muzeów.
Muzeum – Orawski Park Etnograficzny było i wciąż bywa plenerem filmowym, kręcono tutaj m.in. Janosika, Ród Gąsieniców oraz Ogniem i Mieczem, a także serial "Marusarz. Tatrzański orzeł.
Nagrody i odznaczenia W 1999 r.