Organizacja i struktura wewnętrzna UOP UOP w latach 1990–1996 był wydzielonym pionem Ministerstwa Spraw Wewnętrznych, na jego czele stał Szef podległy Ministrowi. Po reformie administracyjnej (która weszła w życie w dwóch etapach: 1 października 1996 r. i 1 stycznia 1997 r.) Urząd stał się samodzielną instytucją Rzeczypospolitej Polskiej. Od 1 października 1996 r. nadzór nad nim przejął Prezes Rady Ministrów, ponadto 1 stycznia 1997 r. powołany został minister-koordynator służb specjalnych.
Liczba i struktura etatów w UOP są niejawne: w połowie lat 90 XX w. ich liczbę szacowano na 10 tys.
Struktura UOP w 1990 r.
Zgodnie z zarządzeniem nr 39 Prezesa Rady Ministrów z 4 lipca 1990 r.Historyczno-prawna analiza struktur organów bezpieczeństwa państwa w Polsce Ludowej (1944–1990). Zbiór studiów, red. Adrian Jusupović, Rafał Leśkiewicz, Warszawa 2013, s. 305–307 (Dokument nr 31).