w skład Urzędu Ochrony Państwa w momencie jego zorganizowania wchodziły następujące jednostki organizacyjne: Zarząd Wywiadu Zarząd Kontrwywiadu Zarząd Śledczy Biuro Prezydialne Biuro Koordynacji i Prognoz Biuro Analiz i Informacji Biuro Techniki Biuro Obserwacji Biuro Szyfrów Biuro Ewidencji i Archiwum Biuro Kadr Biuro Finansów Biuro Administracyjno-Gospodarcze. Struktura UOP w 1997 r.
Zgodnie z rozporządzeniem Prezesa Rady Ministrów z 6 grudnia 1996 r.. w skład Urzędu Ochrony Państwa po jego wydzieleniu z Ministerstwa Spraw Wewnętrznych wchodziły następujące jednostki organizacyjne: Gabinet Szefa Zarząd Wywiadu Zarząd Kontrwywiadu Zarząd Ochrony Ekonomicznych Interesów Państwa Zarząd Śledczy Biuro Analiz i Informacji Biuro Bezpieczeństwa Łączności i Informatyki Biuro Techniki Biuro Obserwacji Biuro Ewidencji i Archiwum Biuro Prawne Biuro Finansów Biuro Kadr i Szkolenia Biuro Administracyjno-Gospodarcze Inspektorat Nadzoru, Kontroli i Bezpieczeństwa Wewnętrznego. Struktura UOP w 2002 r.