Zgodnie z rozporządzeniami Prezesa Rady Ministrów z 19 sierpnia 1998 r.., 12 maja 1999 r.. i 9 kwietnia 2001 r.. w skład Urzędu Ochrony Państwa pod koniec jego funkcjonowania wchodziły następujące jednostki organizacyjne: Zarząd Wywiadu Zarząd Kontrwywiadu Zarząd Ochrony Ekonomicznych Interesów Państwa Zarząd Śledczy Zarząd Zabezpieczenia Technicznego Biuro Analiz i Koordynacji Biuro Bezpieczeństwa Łączności i Informatyki Biuro Ewidencji i Archiwum Biuro Prawne Biuro Finansów Biuro Kadr Biuro Administracyjno-Gospodarcze Inspektorat Nadzoru, Kontroli i Bezpieczeństwa Wewnętrznego.
Struktura terenowa W chwili zorganizowania Urzędu Ochrony Państwa w 1990 r. powołano delegatury UOP w 14 miastach Polski: Białymstoku (dla województw: Białostockiego, Łomżyńskiego i Suwalskiego), Bydgoszczy (dla województw: Bydgoskiego, Toruńskiego, Płockiego, Włocławskiego), Gdańsku (dla województw: Elbląskiego, Gdańskiego, Słupskiego), Katowicach (dla województw: Bielskiego, Częstochowskiego i Katowickiego), Krakowie (dla województw: Krakowskiego, Nowosądeckiego i Tarnowskiego), Lublinie (dla województw: Bialskopodlaskiego, Chełmskiego, Lubelskiego i Zamojskiego), Łodzi (dla województw: Łódzkiego, Piotrkowskiego, Sieradzkiego, Skierniewickiego), Olsztynie (dla Województwa Olsztyńskiego), Opolu (dla województwa Opolskiego), Poznaniu