Zwykle terminów tych nie używa się do omawiania przeniesienia do komórki całego genomu innej komórki albo jego dużych fragmentów (np. kilku chromosomów). Takie modyfikacje o znacznie większym zakresie są domeną inżynierii komórkowej, hodowli rekombinacyjnej i inżynierii chromosomowej.
Wszystkie powyższe techniki – a także kilka innych, na przykład indukowana mutageneza – pozwalają na modyfikowanie genomów, ale przyjęło się nazywać organizmami zmodyfikowanymi genetycznie tylko te, które zostały otrzymane metodami inżynierii genetycznej. Dużo rzadziej nazywa się w ten sposób także te, które są efektem sztucznie wywołanego łączenia się (fuzjonowania) komórek, czyli inżynierii komórkowej. Granica między inżynierią genetyczną a inżynierią komórkową zaciera się stopniowo, w miarę jak możliwe staje się stosowanie do transformacji coraz większych fragmentów DNA.
Różnice między inżynierią genetyczną a innymi metodami modyfikowania genomów organizmów dotyczą metod i skutków.