10 lipca 1992 misja stworzenia koalicji chrześcijańsko-ludowo-liberalnej zakończyła się niepowodzeniem.
Ponownie został premierem po wyborach parlamentarnych w 1993 i stworzeniu rządu koalicyjnego SLD-PSL. 1 marca 1995 jego rząd został odwołany na skutek konstruktywnego wotum nieufności, w którym koalicja SLD i PSL wskazała jako kandydata premiera Józefa Oleksego. Z okresem jego rządów wiązała się sprawa trójkąta Buchacza.
W 1995 kandydował na urząd prezydenta RP (gdy z kandydowania zrezygnował marszałek Sejmu Józef Zych). W pierwszej turze wyborów uzyskał 4,31% poparcia (5. miejsce, 770 417 głosów).
15 czerwca 2004 objął stanowisko przewodniczącego klubu parlamentarnego PSL, a 29 stycznia 2005 został ponownie wybrany na prezesa partii. 16 listopada 2007, po przedterminowych wyborach parlamentarnych i zawiązaniu przez PSL koalicji PO-PSL, objął urzędy ministra gospodarki i wiceprezesa Rady Ministrów w pierwszym rządzie Donalda Tuska. 11 kwietnia 2010 został wiceprzewodniczącym Międzyresortowego Zespołu do spraw koordynacji działań podejmowanych w związku z tragicznym wypadkiem lotniczym pod Smoleńskiem, powołanego przez premiera Donalda Tuska po katastrofie polskiego Tu-154 w Smoleńsku.