Działalność polityczna w czasie II wojny światowej thumb|lewo|Arcyksiążę Wilhelm – Wasyl Wyszywany Wybuch II wojny światowej zastał Wilhelma w Wiedniu. Sympatyzował z nazistami, ale nigdy nie wstąpił do NSDAP. Przywdział mundur niemiecki i na początku 1940 został wysłany na szkolenie do Wiener Neustadt. Został przydzielony do obrony cywilnej, razem ze starcami i młodymi chłopcami. Przy wsparciu niemieckich władz i niemieckich sądów wystąpił wraz z siostrą Eleonorą przeciwko bratu Karolowi Albrechtowi w sporze o pieniądze. Wiosną 1941 roku otrzymał jednorazowo 300 000 marek, dzięki czemu został zabezpieczony materialnie do końca swego życia. Po ataku Niemiec na ZSRR 22 czerwca 1941 roku wsparł ponownie ukraińskie aspiracje narodowe. Widział konieczność kolaboracji Ukraińców z Niemcami, jednak niemiecka obojętność dla podejmowanych przez Ukrainę starań podkopała jego fascynację faszyzmem. Przeszedł na stronę proukraińskiego ruchu oporu.