Małżeństwo z Janem Zápolyą (1539–1540) Jan Zápolya, od 1526 król Węgier, rozpoczął starania o rękę Izabeli już na początku lat 30. XVI wieku. Ożenek ten miał przypieczętować sojusz polsko-węgierski, który Zápolya miał nadzieję utworzyć walcząc przeciw Habsburgom. Już wcześniej, za panowania Jagiellonów czesko-węgierskich Zápolya wydał za Zygmunta Starego swą siostrę, Barbarę (1512). Teraz chciał ponownie zacieśnić stosunki między Węgrami a Polską. Król Zygmunt był jednak niechętny temu małżeństwu z dwóch powodów: po pierwsze nie chciał wysyłać córki do kraju ogarniętego wojnąW tym czasie na Węgrzech trwała wojna domowa połączona z interwencją turecką., po drugie nie chciał otwarcie sprzeciwić się polityce Habsburgów. Uparte starania króla Jana zakończyły się sukcesem dopiero po kilku latach. Zygmunt wyraził zgodę na małżeństwo, pod warunkiem, że między Ferdynandem Habsburgiem a Zápolyą dojdzie do podpisania pokoju. Stało się to w 1538, kiedy to zatwierdzono układ w Wielkim Waradynie. Na jego mocy Węgry zostały podzielone między Jana i Ferdynanda. Jan zachował dożywotni tytuł króla Węgier, ale jego następcą miał być Ferdynand i jego spadkobiercy. Tak więc ewentualni przyszli potomkowie Izabeli i Jana nie mieli praw do korony, w zamian mieli otrzymać odszkodowanie pieniężne, tytuł książęcy i dobra na Spiszu.