Pod koniec roku 1958 Andrew Ryan stracił cierpliwość dla konfliktu z Fontaine’em i wydał rozkaz zabicia go. Nowym przywódcą opozycji został Atlas, który wraz ze swoimi zwolennikami w noc sylwestrową tego roku wywołał zamieszki, które objęły zarówno niższe, jak i wyższe warstwy społeczeństwa. Wydarzenia te zapoczątkowały wojnę domową między Ryanem a Atlasem, która w niedługim czasie objęła całe miasto. Wraz z postępującymi walkami Ryan zaczął zatracać swoje ideały, stosując w walce ze swoim antagonistą tortury i próby kontroli umysłu. W końcu zachowanie twórcy Rapture stało się na tyle nierozsądne, że pewna grupa jego niedawnych zwolenników postanowiła go zabić. W momencie, gdy do miasta przybywa postać gracza, jedynymi żyjącymi są Genofagi (ang. Splicers) – mieszkańcy miasta cierpiący z powodu umysłowych i psychicznych chorób wywołanych nadużywaniem Adama. Innym, niedotkniętym mutacjami ludziom udało się zabarykadować w nieobjętych walkami obszarach, jednak większość z nich jest w inny sposób niestabilna psychicznie lub niebezpieczna.