Rzucają się one na niego ze swoimi strzykawkami i zabijają go, wysysając z jego organizmu całego Adama. W tym miejscu rozgrywka się kończy i następuje sekwencja .
W grze występują trzy różne zakończenia zależne od tego, jakie akcje gracz podejmował względem Siostrzyczek w czasie rozgrywki. Narratorem każdego z nich jest dr Tenenbaum. Jeśli gracz uratował wszystkie dziewczynki pojawiające się w grze, zakończenie ukazuje Siostrzyczki powracające na powierzchnię razem z Jackiem i żyjące później pełnią życia – kończące studia, wychodzące za mąż i w końcu posiadające własne dzieci – film kończy się sceną, w której główny bohater w sędziwym już wieku umiera, ale do swoich ostatnich chwil otoczony jest przez oddane mu teraz już dorosłe Siostrzyczki. Jeśli gracz zabił więcej niż dwie, ale nie wszystkie, w sekwencji zamykającej grę widać Jacka zwracającego się przeciw dziewczynkom po zabiciu przez nie Fontaine’a, a w końcu prawdopodobnie również zabijającego je i zabierającego ich Adama – to, co się miało później wydarzyć, opisuje Tenenbaum, potępiając działania bohatera gry. Następnie rozpoczyna się drugi film ukazujący uzbrojoną w ładunki atomowe łódź podwodną przepływającą obok wraku samolotu, wokół niej nagle pojawiają się batyskafy, z których wychodzą Genofagi. Zabijają oni wszystkich ludzi i przejmują kontrolę nad okrętem.