Powrót do Lwowa, profesura i druga wojna światowa W początkach 1928 powrócił do Lwowa, gdzie został powołany na Uniwersytecie Lwowskim na stanowisko profesora nadzwyczajnego i objął w nim ponownie obowiązki akademickie. W 1934 został profesorem zwyczajnym.
W latach 1938–1939 był przewodniczącym Polskiego Towarzystwa Filozoficznego we Lwowie. (Po wojnie zaś przewodniczącym wpierw poznańskiego, następnie warszawskiego oddziału tego towarzystwa).
W czasie II wojny światowej przebywał we Lwowie. Po wkroczeniu wojsk radzieckich Uniwersytet Jana Kazimierza przestał istnieć, a na jego miejsce powołano istniejący do dzisiaj ukraiński Uniwersytet Lwowski im. Iwana Franki. W latach 1940–1941 Ajdukiewicz wykładał psychologię w Lwowskim Państwowym Instytucie Medycznym.
W czasie okupacji niemieckiej pracował jako księgowy w Rzeźni Miejskiej, prowadząc jednocześnie tajne nauczanie dla polskiej młodzieży. W latach 1944–1945 wykładał fizykę na Uniwersytecie Iwana Franki.
Wkrótce po wojnie znalazł się przejściowo na Uniwersytecie Jagiellońskim. W 1945 objął Katedrę Teorii i Metodologii Nauk (później przemianowaną na Katedrę Logiki) w Uniwersytecie im. Adama Mickiewicza.