W latach 1948–1952 był rektorem tego uniwersytetu.
Powrót do Warszawy W 1954 przeniósł się do Warszawy, gdzie od 1955 wykładał logikę, a w latach 1957–1961 był kierownikiem Katedry Logiki II Wydziału Filozoficznego Uniwersytetu Warszawskiego. Współganizował także Zakład Logiki Instytutu Filozofii i Socjologii PAN.
Jego wpływ dla polskiej nauki był najbardziej widoczny w okresie powojennym, ponieważ wielu przedstawicieli szkoły lwowsko-warszawskiej zginęło lub emigrowało, a pozostali w kraju ograniczyli się do uprawiania wąsko pojmowanej logiki. Ajdukiewicz wraz z Tadeuszem Kotarbińskim byli jednymi z głównych badaczy semiotyki i metodologii nauk oraz wykorzystania logiki dla badań filozoficznych.
Interesowała go współpraca interdyscyplinarna. Na seminaria i konferencje, które organizował, zapraszał przedstawicieli nauk specjalistycznych, m.in. fizyki, biologii, socjologii, lingwistyki. Starał się zapewnić warunki, aby w kierowanych przez niego placówkach nawet w czasach stalinowskich, pracownicy mieli względną swobodę działania.
Na emeryturę przeszedł w 1961. Dwa lata później, 12 kwietnia 1963, zmarł nagle na serce. Pogrzeb odbył się w Warszawie.