W czasach stalinizmu niewiele brakowało, aby świątynia została rozebrana, podobnie jak Teatr Miejski. Pretekstem dla władz było uszkodzenie wskutek działań wojennych w roku 1945. Pociski artyleryjskie przebiły strop u fasady kościoła, zdemolowały organy oraz naruszyły wieżę. Tymczasowa Rada Miejska Bydgoszczy 19 kwietnia 1945 podjęła uchwałę o likwidacji obiektu i jego zburzeniu. Wobec stanowczego sprzeciwu społecznego, władza miejska zasugerowała przekazanie świątyni dla potrzeb Kościoła Garnizonowego, co ułatwiłoby zamiar (w uzgodnieniu z władzami wojskowymi) jej zburzenia. Dopiero w czerwcu 1947 zamiaru zaniechano, bowiem udało się ujawnić tajny plan, że na miejscu wyburzonego kościoła miał stanąć pomnik Józefa Stalina. Do rozbiórki nie doszło dzięki zdecydowanej postawie parafian, proboszcza Stanisława Wiśniewskiego oraz pełnemu poparciu hierarchii kościelnej. Całkowity remont organów, naprawa okien i uszkodzonych witraży oraz okaleczeń ścian nastąpiły w październiku 1947 dzięki zbiórkom pieniężnym.