Przystosowanie wnętrza kościoła dla potrzeb parafialnych nastąpiło w latach 1949–1957, a uzupełnienie wyposażenia w latach 1966–1967. Wielki ołtarz wykonano według projektu artysty rzeźbiarza Sylwestra Fryski. Umieszczono w nim „Madonnę Niepokalanego Poczęcia NMP” pędzla M.A. Piotrowskiego z ok. 1854, który pochodzi z dawnego kościoła pojezuickiego zburzonego przez hitlerowców w 1940. W 1957 kościół otrzymał bogatą polichromię, a w 1966 umieszczono w ołtarzu ofiarnym obraz „Wieczerzy Pańskiej” oraz figury św. Piotra i Pawła, dzieła artystów rzeźbiarzy Mikulskiego i Mrówczyńskiego. W latach 90. XX w. przeprowadzono remont generalny wieży oraz umieszczono w niej witraże.
W 2014 przeprowadzono prace konserwatorskie witraży znajdujących się w kopule kościoła, których stan zagrażał już bezpieczeństwu dookoła świątyni. Podobne prace wykonano wcześniej przy witrażach ponad chórem muzycznym, witrażach w wieży oraz oknach witrażowych na poziomie przyziemia.