Mecz o mistrzostwo oddał walkowerem Guillermo Corii.
Na koniec sezonu został sklasyfikowany jako ósmy tenisista w światowym rankingu. Dzięki temu wystąpił po raz pierwszy w turnieju Tennis Masters Cup, gdzie gra ośmiu najwyżej sklasyfikowanych tenisistów z sezonu. Jednak nie odegrał większej roli, odpadając po rozgrywkach grupowych.
Sezon 2004 W styczniu 2004 roku osiągnął ćwierćfinał turnieju w Melbourne. Pod koniec kwietnia, w okresie gry na nawierzchni ziemnej, wziął udział w turnieju w Monte Carlo, docierając do ćwierćfinału. Mecz o półfinał przegrał z Guillermo Corią 4:6, 3:6. W Barcelonie rozegrał swój kolejny ćwierćfinał w sezonie. W Rzymie awansował do finału imprezy, gdzie w meczu o tytuł spotkał się z Carlosem Moyą. Mecz zakończył się porażką Nalbandiana 3:6, 3:6, 1:6. Z turnieju w Hamburgu odpadł w I rundzie.
W wielkoszlemowym French Open osiągnął półfinał. Na drodze do finału stanął Nalbandianowi Gastón Gaudio, który ostatecznie wygrał pojedynek 6:3, 7:6(5), 6:0. W czerwcu zrezygnował ze startu w Wimbledonie. Pod koniec sezonu, podczas rozgrywek w Madrycie doszedł finału, jednak spotkanie o tytuł przegrał z Maratem Safinem 2:6, 4:6, 3:6. Swój trzeci finał w sezonie osiągnął w Bazylei, w którym uległ Jiříemu Novákowi
Ostatecznie Nalbandian sezon zakończył na 9.