Materiał naniesiony przez rzekę Kaystros powiększył dolinę o około 5,0 km w stosunku do położenia linii brzegowej w czasach rozkwitu starożytnego miasta.
Miasto było częściowo zburzone przez trzęsienia ziemi, drugie miało miejsce w 614.
Do pamiątek z okresu chrześcijaństwa należą: Jaskinia Siedmiu Śpiących na wzgórzu Pion oraz ruiny bazyliki św. Jana w Selçuk.
Efez był częścią Cesarstwa bizantyńskiego w okresie od 395 do 1071 roku.
Sobór efeski 431 roku Pomimo odgrywania coraz mniejszej roli przez Efez, w 431 r. był on miejscem trzeciego Soboru powszechnego w sprawie nestorianizmu. Na Soborze efeskim potwierdzono dogmatyczny tytuł Maryi jako Bogarodzicy (). A w 449 odbył się w Efezie synod lub sobór zbójecki, zwany tak ze względu na gwałtowny przebieg. Próbowano rozwiązać na nim kwestię monofizytyzmu Eutychesa. Synod ten miał swą kontynuację na Soborze chalcedońskim (451).
Islam w Efezie Najazdy Arabów, po raz pierwszy w latach 654–655 przez kalifa Muawiji I a później w 700 i 716, przyśpieszyły proces degradacji Efezu.
Kiedy Seldżukidzi zdobyli Efez w 1090, był on małą wioską.
Zabytkiem architektury islamskiej z tamtego czasu jest czternastowieczny meczet Isa Bey w Selçuk.