Tłum, wykrzykujący hasło Artemida z Efezu jest wielka!, wzbudził zamęt w teatrze i porwał tam kilku współpracowników Pawła. Po tych wydarzeniach św. Paweł opuścił Efez (Dzieje Apostolskie 19,8-20,1). Chrześcijaństwo w Efezie jednak przetrwało. Do gminy chrześcijańskiej Paweł skierował list do Efezjan. Drugi list do Efezjan znajdujemy w Apokalipsie Jana. Po edykcie cesarza Teodozjusza z 381 roku zamknięto świątynię Artemidy, a chrześcijaństwo stało się religią dominującą.
Z Efezem jest związana postać Jana Ewangelisty, który zgodnie z tradycją tu przeżył ostatnie trzy lata życia i napisał swoją Ewangelię. Jan osiedlił się w Efezie wraz z matką Jezusa Maryją, którą sprowadził, zdaniem niektórych badaczy, wraz ze św. Pawłem do Azji Mniejszej z Jerozolimy. Wyjazd prawdopodobnie był spowodowany nasilającymi się prześladowaniami chrześcijan zamieszkałych w tym mieście w latach 37–45. Na wzgórzu Coressus, w powyżej ruin Efezu, znajduje się niewielka kapliczka wybudowana na fundamentach domu, w którym, zgodnie z legendą, zamieszkała Maria (Dom Marii Dziewicy).