Pozostawił po sobie syna, Jerzego – reportera TVP Gdańsk, który po śmierci ojca przeprowadził się z matką do Warszawy i zamieszkał z dziadkami i stryjostwem.
W tym czasie Jan Augustyński zajmował się tajnym nauczaniem w stolicy, do końca życia przechowywał klucz do gimnazjumDomańska Hanna, Leon Lifsches, Żydzi z nad Gdańskiej Zatoki, Agencja Wydawnicza Tu, Warszawa 2000, .. Zmarł nagle 13 czerwca 1943.
Ordery i odznaczenia Krzyż Kawalerski Orderu Odrodzenia Polski Złoty Krzyż Zasługi (27 czerwca 1928)M.P. z 1928 r. nr 150, poz. 269 „za zasługi na polu pracy oświatowej i szkolnictwa”.
Medal Jubileuszowy Pamiątkowy dla Cywilnych Funkcjonariuszów Państwowych (Austro-Węgry, przed 1913) Krzyż Jubileuszowy dla Cywilnych Funkcjonariuszów Państwowych (Austro-Węgry, przed 1912)
Upamiętnienie mały|Ulica, przy której mieściło się Gimnazjum Polskie nosi imię Jana Augustyńskiego Nazwisko Jana Augustyńskiego znalazło się na liście strat kultury polskiej (obok poległego w powstaniu warszawskim bratanka Jędrzeja Augustyńskiego, syna Zygmunta). W 1957 Rada Miejska w Gdańsku zmieniła nazwę ulicy, przy której znajdowało się Gimnazjum Polskie, z ul. Białowieskiej na ul. Jana AugustyńskiegoPomorscy patroni ulic Trójmiasta, Ossolineum 1977..