Okupacja niemiecka i tajne nauczanie Przed 1939 dwukrotnie dokonywano zamachu na jego życie. Kilka dni przed wybuchem II wojny światowej wyjechał z żoną do Katowic na pogrzeb brata, Władysława Augustyńskiego. Tam dowiedział się, że znajduje się na „czarnej liście” Gestapo. W tej sytuacji nie wrócił już do Gdańska, ale pojechał do Gdyni, aby wypłacić wynagrodzenia nauczycielom. Z Gdyni udał się do Warszawy, gdzie wraz z żoną zamieszkał u młodszego syna Witolda Augustyńskiego, który był absolwentem Akademii Rolniczej w Krakowie. Żonaty z Janiną Sankowską miał dwóch synów: Jana Witolda późniejszego profesora Uniwersytetu Warszawskiego i Pawła, który był niepełnosprawny. Po rozwodzie ożenił się powtórnie w 1946 ze spokrewnioną z Sapiehami Stefanią Witter (primo voto: Nawratowicz), która miała dwoje dzieci: Andrzeja i Barbarę Nawratowicz-Stuart
Starszy syn, Jerzy Augustyński, żonaty z Allą (1909–1979), absolwent Sorbony, urzędnik Polskiej Agencji Eksportu Drewna „Paged”, działacz Polonii gdańskiej, obrońca Sopotu został rozstrzelany przez niemieckich nazistów w Piaśnicy 11 listopada 1939.