W 1957 nakładem Instytutu Literackiego w Paryżu ukazały się Szkice piórkiem, okupacyjny dziennik Bobkowskiego. Za opowiadanie Spadek pisarz dostał literacką nagrodę londyńskich „Wiadomości”. W tymże roku okazało się, że Bobkowski ma nowotwór mózgu. W 1958 przeszedł pierwszą operację. Trzy tygodnie potem zapisał w dzienniku: „Wiem, że powinienem starać się nie myśleć, wrócić do normalnego życia natychmiast, gdy cięcie się zagoi. I wrócę. Ale chyba tylko na powierzchni. Na dnie będzie już zawsze tkwiło przygotowanie.” Kolejne operacje mają miejsce w 1959 i 1960. W 1959 publikuje w 11 numerze „Kultury” dramat Czarny piasek. Na wiosnę 1961 stan zdrowia Bobkowskiego znacznie się pogorszył, co sprawiło, że w kwietniu wyjechał do Stanów Zjednoczonych na leczenie i na narty. Zmarł po powrocie do Gwatemali w czerwcu 1961. Został pochowany w grobie rodzinnym doktora Quevedo, którego czterech synów od dwunastu lat uczył modelarstwa.
Po śmierci męża Barbara Bobkowska przetłumaczyła m.in. fragmenty Notatnika modelarza, Czarny piasek, Lourdes i esej Józefa Czapskiego Querido Bob. Uporządkowała manuskrypty męża i posłała je do Maisons-Laffitte.