W 1993 został przez prezydenta RP Lecha Wałęsę odznaczony Srebrnym Krzyżem Zasługi za działalność na rzecz umacniania bezpieczeństwa wewnętrznego kraju, zaś minister spraw wewnętrznych Andrzej Milczanowski przedterminowo mianował go na stopień kapitana. W 1996 otrzymał nagrodę od Ministra Spraw Wewnętrznych Zbigniewa Siemiątkowskiego za udaremnienie przemytu 25 kilogramów heroiny. W 1997 został nagrodzony przez Prezesa Rady Ministrów Włodzimierza Cimoszewicza za znaczące efekty pracy, zwłaszcza za wkład w walkę z przestępczością gospodarczą w zakresie ubezpieczeń.
W listopadzie 1997, po utworzeniu rządu AWS–UW został awansowany na stanowisko zastępcy szefa UOP, zaś w 6 lutego 1998 objął funkcję szefa Urzędu. Za pracę na tym stanowisku również otrzymywał nagrody i wyróżnienia. Za zasługi w działaniach związanych z akcesją Polski do NATO otrzymał nagrody od ministra–koordynatora służb specjalnych Janusza Pałubickiego w 1999 oraz od premiera Jerzego Buzka w 2000. W 2001 Jerzy Buzek nagrodził go w uznaniu zasług na rzecz bezpieczeństwa państwa i ochrony porządku konstytucyjnego. W okresie kierownictwa Nowka wiele procedur w Urzędzie dostosowano do standardów NATO.