Jednocześnie był krytykowany przez opozycję (głównie przez Sojusz Lewicy Demokratycznej). Oskarżany był o polityczne czystki w urzędzie: za jego kadencji zwolniono ponad 1400 funkcjonariuszy. Krytykowano zaangażowanie Urzędu w proces lustracyjny ówczesnego prezydenta Aleksandra Kwaśniewskiego. Według informacji przekazywanych przez Nowka w archiwach UOP miały znajdować się dokumenty świadczące o współpracy Kwaśniewskiego ze Służbą Bezpieczeństwa. Sąd Lustracyjny uznał jednak, że Kwaśniewski nie był tajnym współpracownikiem. W 2002 prokuratura wszczęła śledztwo w sprawie domniemanych nielegalnych działań Urzędu Ochrony Państwa przeciw prezydentowi, umorzone później z braku cech przestępstwa.

.

25 października 2001 Nowek podał się do dymisji na znak protestu przeciwko planowanej przez rząd Leszka Millera reformie służb specjalnych (likwidacji UOP i utworzenia w jego miejsce Agencji Wywiadu i Agencji Bezpieczeństwa Wewnętrznego). Pozostając poza służbą krytykował likwidację UOP, a następnie zwalnianie funkcjonariuszy służb specjalnych przez nowe kierownictwo.